Laboratoire et Université :
LIMSI-CNRS, UPR CNRS 3251
Département d'Informatique
Université Paris-Sud XI, Orsay
L'équipe Bioinformatique est une action thématique du département de communication homme-machine (CHM) du LIMSI. Elle a une implication très forte dans l'action transversale VENISE de la réalité virtuelle. L'équipe a également de nombreuses interactions avec les principales équipes de
Bioinformatique et de Génomique de l'Université Paris-Sud, ainsi que des partenariats multiples avec des équipes et laboratoires
régionaux, nationaux et internationaux.
Dans le cadre interdisciplinaire STIC et Vivant et celui des Données
Massives en Biologie Moléculaire, nous plaçons volontairement notre
programme de recherche dans les aventures génomiques et post-génomiques.
Nos activités de recherche concernent principalement le "Visual and
Image Mining" pour l'étude et l'analyse de l'architecture spatiale des
génomes et des interactions moléculaires, ainsi que dans la simulation
de la vie cellulaire dynamique du vivant.
Face aux données massives produites par ces champs scientifiques et
biotechnologiques, le défi majeur à relever consiste à montrer que les
représentations visuelles intelligentes, couplées aux interfaces
homme-machine immersives novatrices, sont difficilement évitables afin
de comprendre ou aider à comprendre la complexité multi-échelle des
phénomènes des sciences de la vie.
Pour cela, nous développons les axes de recherche suivants :
- Modélisation 3d pour une nouvelle vision globale de l'architecture
des génomes
- Analyse d'image et clustérisation graphique des données d'expression
en Transcriptomics/Proteomics.
- Interaction immersive centrée-utilisateur pour les manipulations
moléculaires et le docking de protéines.
- Exploration et visualisation de données génomiques factuelles et
textuelles
- Réalité mixte et augmentée pour les validations entre les modèles et
les données terrain.